Prologo:
Dozzine di televisioni trasmettono notizie varie, gossip e pubblicità. Ognuno fissa il suo proprio televisore. Alimentato dallo stato di unione, il gruppo sfocia in uno stato di rabbia ("American Idiot"). Ci troviamo in una periferia deserta nel passato recente. Incontriamo JOHNNY. Lui ha quasi 30 anni e non ha combinato nulla nella vita. Inizia a commiserarsi con il suo amico WILL ("Jesus of Suburbia"). Appare il loro amico TUNNY e fanno festa. Quando i tre finiscono la birra, si dirigono al supermercato, dove TUNNY spiega l'instabilità del far-nulla, andare-da-nessuna-parte delle loro vite ("City of the Damned"). I due si infastidiscono, e JOHNNY sfida il suo amico a fregarsene ("I Don't Care"). Appare HEATHER. Lei è incinta, e non sa cosa fare ("Dearly Beloved"). Nel frattempo, una decisione viene presa. JOHNNY, WILL e TUNNY si dirigeranno in città per cominciare una nuova vita. All'ultimo momento, HEATHER rivela a WILL che il figlio che porta in grembo è suo, e WILL decide di rimanere a casa ("Tales of Another Broken Home").


JOHNNY e TUNNY prendono il bus per attraversare il paese. Come previsto, l'America che trovano li nausea e incrementano quindi il loro impegno per costruire il proprio percorso ("Holiday"). Arrivano in città e condividono una stanza ad un hotel economico. I giorni passano. Mentre TUNNY dorme, JOHNNY esce di notte per risvegliare il suo rapporto con la città. Incontra poi una ragazza ad una finestra e flirta con lei ("Boulevard of Broken Dreams"). Nell'hotel, intanto, TUNNY si alza. Disilluso dalla città, egli ha una mistica rivelazione che gli è indotta dal televisore ("Favorite Son"). Ipnotiche immagini di potere e patriottismo inducono TUNNY ad arruolarsi nell'esercito ("Are We the Waiting"). JOHNNY ritorna all'hotel e vede che TUNNY se n'è andato. Solo e disperato, JOHNNY evoca un alter-ego onnipotente, ST. JIMMY. Circondato da discepoli e sollevato dal carisma di ST. JIMMY e dalla droga, JOHNNY rintraccia la ragazza della finestra, WHATSERNAME, e fa la prima mossa ("St. Jimmy").
JOHNNY si lega a WHATSERNAME. Nella periferia, WILL e HEATHER si sforzano di mantenere viva la loro relazione, ma l'inerzia di WILL rischia di ottenere la meglio su di lui. Intanto, nel Medio Oriente, troviamo TUNNY che combatte, dove viene ferito (“Give me novocoine”). JOHNNY è preso da WHATSERNAME e vorrebbe festeggiare, ma ST. JIMMY ha altri piani per loro (“Last of the American Girls/She's A Rebel”). ST. JIMMY dà a JOHNNY e WHATSERNAME dell'eroina d'alta qualità, e loro si bucano. Intanto, il bambino di WILL e HEATHER è nato, e WILL è sempre più ignaro di come HEATHER si impegni teneramente per il futuro del suo bambino (“Last Night On Earth”). HEATHER ne ha avuto abbastanza dell'apatia di WILL alimentata da erba e alcohol. Nonostante le proteste di WILL, prende il bambino e se ne va (“Too Much Too Soon”).
TUNNY è in un ospedale militare in Medio Oriente con altri tre altri soldati feriti (“Before The Lobotomy”). La sua gamba sinistra è gravemente ferita. In un'allucinazione causata dalla morfina, gli appare una seduttrice vestita con un burqua mandata dal cielo. Lei lo coinvolge in un'estatica danza a mezz'aria (“Extraordinary Girl”).
Il miraggio scompare e lui rimane con i suoi compagni soldati in agonia (“Before The Lobotomy (Reprise)”). Nella città, JOHNNY canta a WHATSERNAME una meravigliosa canzone che ha scritto per lei (“When It's Time”). Questo spinge ST. JIMMY ad agire. Minacciato dall'intensificarsi del rapporto tra JOHNNY e WHATSERNAME, si vendica tentando di separarli. Improvvisamente il bisogno di JOHNNY per la droga aumenta. Quando si buca, immagina WILL, e ribadiscono il loro vecchio credo (“Know Your Enemy”).
Tre eventi simultanei: all'ospedale militare, la gamba di TUNNY è stata amputata. La sua infermiera, la EXTRAORDNARY GIRL della sua fantasia, gli fa un bagno caldo e lo conforta. Nella periferia, WILL è solo, mentre HEATHER è lontana da qualche parte con loro figlio. Nella città, WHATSERNAME supplica JOHNNY di ripulirsi e prendere seriamente la sua vita e la loro relazione (“21 Guns”). JOHNNY non riesce a gestire la cosa, e la insulta influenzato da ST. JIMMY. WHATSERNAME ne ha abbastanza, e lascia JOHNNY (“Letterbomb”). JOHNNY tocca il fondo. Rimpiange i bei giorni passati, TUNNY rimpiange casa, e WILL rimpiange tutte le cose che ha perso (“Wake Me Up When September Ends”).
JOHNNY si impegna a ripulirsi. ST. JIMMY capisce che i suoi giorni sono contati, il matrix JOHNNY/ST. JIMMY si conclude con la metaforica morte di ST. JIMMY (“The Death of St. Jimmy”). JOHNNY entra a far parte della forza lavoro, ma non gli piace molto (“East 12th St.”). WILL, rimasto senza erba e solo con il suo televisore, si lamenta per il suo stato di reietto (“Nobody Likes You”). Quando finalmente si alza dal divano, alla televisione appare HEATHER con il suo nuovo fidanzato rockstar (“Rock and Roll Girlfriend”). WILL impazzisce. Si dirige al supermercato aspettando che succeda qualcosa. JOHNNY ritorna a casa, e così fa anche TUNNY. I tre amici sono riuniti nel parcheggio del supermercato. TUNNY presenta la sua EXTRAORDINARY GIRL, che è ritornata a casa con lui. HEATHER arriva con il suo fidanzato Rock and Roll. In una difficile tregua, lei permette a WILL di mostrare loro figlio ai suoi due migliori amici. Arrivano anche altri ragazzi per accogliere i tre amici che non vedono da un anno (“We're Coming Home”). 


Epilogo:
Un anno è passato. JOHNNY riflette sugli errori del suo passato. E per la prima volta può vivere nella lotta tra rabbia e amore che ha determinato la sua vita. Con questa accettazione arriva la possibilità di una speranza (“Whatsername”).