Tanti anni fa alcuni ragazzi, soprannominati "Dex Holder" avevano sconfitto ogni team malvagio: il team Rocket, il team Galassia, il team Flare e così via. Erano alcuni degli allenatori più forti esistenti ed avevano garantito più volte la pace nel mondo.

Col tempo, però, i membri più attaccati alle ideologie dei loro team hanno iniziato ad unirsi in un team più pericoloso, chiamato Genesis, con una quantità enorme di generali, capitani e membri, e le loro ideologie unite li rendevano molto pericolosi.

Segretamente avevano anche iniziato a catturare quasi tutti i pokémon leggendari esistenti e, grazie a loro, sono comparse delle vere e proprie calamità naturali: ad Hoeen, per esempio, era presente una incessante pioggia mentre il sole batteva forte, e Sinnoh ed Unima erano inginocchiate da un inverno perenne e a Jotho il tempo si era completamente fermato e la natura tendeva sempre di più a morire. Questa situazione è stata preoccupante sia per gli umani, sia per i pokémon: alcuni hanno avuto l'occasione di proliferare, altri erano ad un passo dall'estinzione.

I Dex Holder iniziarono a muoversi e, assieme ad altri giovani allenatori, si scontrarono contro questo team crudele e spietato.

La lotta durò quasi sei mesi e i Dex Holder sconfissero i capitani del team Genesis ed il team si è poi sciolto per mancanza di membri… Ma gli stessi Dex Holder, che avevano difeso ogni regione, sono stati uccisi.

In ricordo loro si è deciso di fare due azioni importanti che condizioneranno il futuro del mondo pokémon: Ogni regione ha scritto diverse leggi, che vi riporterò qui sotto ciò che serve sapere:

"…È proibito ad ogni singolo allenatore catturare un pokémon leggendario. Per evitare che ciò accada alcuni umani potranno diventare dei guardiani che controlleranno le attività del pokémon che devono proteggere, entrando in sintonia con loro. Ogni pokémon leggendario richiede un guardiano con caratteristiche differenti. Le capacità richieste saranno condivise con le Kimono girl della regione di Jotho che alleneranno ed aggiorneranno chiunque voglia diventare un guardiano…"

"… Entro il ج∑∞ Verrà costruita una statua in onore ai Dex Holder in ogni regione. Gli allenatori che nasceranno dopo questo evento, quando avranno tra i 15 e i 20 anni, dovranno visitare almeno cinque statue in ricordo all'antica battaglia…"

Durante questa guerra ogni regione è stata coinvolta e, di conseguenza, anche i suoi abitanti. 

Quindici innocenti ragazzi, che erano così giovani che non avevano ancora un pokémon, sono stati feriti così gravemente che sono rimasti in coma per quasi 12 anni in un ospedale lontano da ogni regione. Alcuni di questi non sono riusciti a resistere alle operazioni dei medici, che hanno dovuto anche amputare parti del corpo rimpiazzandole con arti meccanici... fino a quando qualcuno, per fortuna, ha riaperto gli occhi. Il primo era Bond Destiny: il settimo ragazzo colpito gravemente dalla guerra ed il primo umano-cyborg.