Bei tempi quelli in cui Kaji rideva e scherzava con Misato e Ritsouko ai dal liceo e dell'università. Kagi e Misato, sono innamorati... Parole dolci... baci.. Per poi finire a letto insieme. Kagi si voltò verso Misato, la guardò e le sussurrò all'orecchio:"Non ci lasceremo mai amore mio..." Queste sono state le parole che iniziarono a riecheggiare nella mente di Misato, appoggiata a una finestra della sua modesta villetta fuori città, circondata da un piccolo boschetto, mentre fuori pioveva lei ripensò a quando poi, a causa dei loro rispettivi lavori si lasciarono.
Suonano alla porta alla porta. E' un giovane ragazzo, di nome Shinji, che è stato mandato da Misato perchè l'organizzazione militare per cui lavora Misato, la Nerv, dice che questo ragazzo avrebbe particolari doti...

Il ragazzo entrò timidamente dal cancello e attraversò il piccolo giardino fino alla porta, dove lo accolse un atmosfera decisamente calorosa, con Misato che si affacciò con il suo bellissimo sorriso, stringedogli la mano e dicendogli:<< Benvenuto, tu devi essere Shinji, io mi presento, sono Misato e sarò la tua tutrice finchè lavorerai qui per la Nerv. >> Shinji entrò in casa, rassicurato dall'ambiente tranquillo, e colpito dalla bellezza e dal carisma di quella che sarebbe stata la sua tutrice. Qui conobbe conobbe l'animale domestico di Misato, Pen Pen, un piccolo pinguino. Infatti in seguito a catastrofi il polosud si era sciolto, e i pinguini avevano emigrato in altre parti del mondo.
Misato preparò la cena, e parlò amichevolmente con Shinji del più e del meno, qunidi, una volta fatta conoscenza, passò alle cose più serie e gli spiegò la situazione, gli accennò qualcosa sugli esperimenti in Polo Sud, e del rischio di altri attacchi da parte degli angeli. Gli spiegò anche che lui, oltre a Rei, era l'unico in grado di pilotare le cosidette unità Eva per difendere la terra in caso di attacco. Nel giro di pochi giorni, Shinji e Misato iniziarono a conoscersi meglio, e instaurarono un buon rapporto di amicizia, e Misato capì meglio Shinji. Che era un ragazzo molto timido, chiuso e isolato a causa dei vari problemi capitati in passato in vita sua. Capì che Shinji aveva bisogno di aiuto, e lei che vi si stava affezionando, aveva deciso di fare il possibile per aiutarlo. Intanto il periodo scolastico stava iniziando e Shinji doveva andare a scuola.

Shinji a scuola si trovò subito male, non riuscendo a instaurare amicizia con i compagni, e un suo compagno, Toji, lo picchiò, non tanto per cattiveria, ma perchè lo riteneva un debole senza carattere. Ma una volta capito che Shinji era uno dei predestinati per salvare il mondo, Toji si fece perdonare e capì i problemi di Shinji, e che la sua personalità derivava da un padre che non c'era mai e dalla morte della madre.Capì che Shinji non era assolutamente un debole, anzi, aveva molta più volontà di molti altri. Lui e Shinji in breve diventarono molto amici, e grazie a Toji, Shinji fu rispettato in tutta la scuola. Shinji divenne anche amico di Kensuke, un ragazzo appassionato di armi che sperava di entrare un giorno nella Nerv.
Toji aveva un grosso problema, sua sorella era ricoverata in ospedale, ma i soldi non gli bastavano per curarla, così Shinji decise di aiutarlo, pagandole le cure e le operazioni necessarie. Quando Toji lo seppe andò da Shinji e gli si inginocchiò davanti:<< Grazie per quello che hai fatto, io ti rispetterò per sempre, tu sei il più grande amico che io abbia mai avuto. >>

Ancora non si erano visti attacchi degli angeli, quando ecco che un giorno come un altro qualcosa piombò dal cielo e atterrò nei pressi di Neo Tokyo(nota:in questa storia Neo Tokyo è semplicemente una Tokyo del futuro, dato che la catastrofe avvenuta in Polo Sud è stata di dimensione contenute rispetto all'Evangelion che tutti conoscete, e la terra non ha subito cambiamenti così grandi),la contraerea e le difese terrestri iniziarono ad attaccare l'enorme creatura dall'aspetto demoniaco, ma non bastando, decisero di mandare Shinji a combattere, assieme a Rei che gli copriva le spalle. Nonostante qualche difficoltà iniziale, il ragazzo riuscì dopo poco a padroneggiare l'unità Eva e distruggerlo senza bisogno di aiuto da parte di Rei.

Le battaglie andavano avanti e Shinji aveva già sconfitto altri tre angeli, talvolta con difficoltà, talvolta con l'aiuto dello 00 di Rei, ma non sapeva niente di questo nemico, e per il poco che gli era stato spiegato, nella sua mente li considerava tipo degli alieni. Gli venivano molti dubbi nella mente.
Una sera mentre parlava con Misato, fidandosi di quest'ultima, e sapendo che lei sarebbe stata l'unica che gli avrevbbe fornito spiegazioni, le chiese:<< Misato potresti spiegarmi qualcosa di più riguardo a questi angeli? >>
Misato fidandosi a sua volta del ragazzo, e sapendo che Shinji non avrebbe raccontato nulla in giro, decise di raccontargli tutto ciò che sapeva: << Alcuni scienziati si trovavano in Antartide per studi geologici, e comparve a loro un essere di luce. Inizialmente gli scienziati pensarono di aver visto Dio, ma si ricredettero quando l'essere disse che che sarebbe tornato per distruggere la terra e la vita alcuni anni dopo, quando sarebbe nato suo figlio(l'anticristo) in quanto l'umanità era a immagine e somiglianza di Dio, e questo essere, di cui non gli si poteva vedere l'aspetto perchè troppo luminoso, disse che odiava Dio in quanto quando aveva tentato di raggiungerlo, era diventato orrendo ed era stato costretto a stare negli inferi.
Questi scienziati, soprannomiraono l'essere Adam e lasciarono subito gli studi che stavano compiendo. Si misero ad analizzare alcuni piccoli frammenti che perse questo malvagio essere, e partendo da qui e dedicando tutto il loro tempo nello studiarli, riuscirono a progettare delle enormi macchine da battaglie, chiamate Eva.
Quando Adam tornò, combattè contro la prima di queste macchine l'Eva00 in battaglia e fu sconfitto, grazie alla lancia di Longino(una lancia dai poteri incredibili ritrovata anni prima in Antartide) ma l'Eva non gli potè assegnare il colpo di grazia, in quanto era stato calcolato un grosso rischio che questo saltasse in aria. Ma anche il solo averlo colpito causò una enorme esplosione, che ebbe varie ripercussioni sulla terra, nella quale morì anche mio padre. L'essere però subito questo colpo aveva parzialmente perso la sua luminosità, e già si vedeva l'orrendo aspetto che aveva realmente. Inoltre il colpo assegnato dall'Eva00 a Adam, l'aveva paralizzato, e finchè la lancia resta conficcata nel suo petto, questo non si può muovere. Quindi Adam fu rinchiuso in una stanza sotterranea della base della Nerv, conficcato in una croce, quasi come umiliazione per quel simbolo da lui tanto odiato... >>
Quella notte Shinji non chiuse occhio, affascinato e allo stesso tempo terrorizzato da questo racconto.

Alcuni giorni dopo, arrivò dal cielo il quarto angelo. Shinji inizialmente lo sottovalutò ma scoprì a suo malgrado che era particolarmente più forte degli altri ed era riuscito a mettere in serie difficoltà l'Eva01, distruggendegli parte delle gambe e danneggiando gravemente anche l'Eva00. Shinji era svenuto. L'Eva01 si era bloccato e l'angelo stava per attaccare Shinji. Rei con le ultime forze che aveva si gettò verso l'angelo facendo scoppiare una granata atomica ad azione contenuta e autodistruggendosi insieme a quest'ultimo. Shinji era in crisi ed era disperato per la morte di Rei, che poco prima di saltare in aria assieme alll'angelo aveva detto via radio a Shinji:<< Ti amo Shinji... >> . Shinji successivamente parlò in lacrime con Misato, dicendo che anche lui provava dei sentimenti per Rei. Misato gli spiegò a malinquore che Rei, non era un'umana ma era un'androide. Era stata costruita da Gendo, e secondo quest'ultimo non sarebbe capace di provare sentimenti. E che Shinji deve comunque vedere il lato positivo di questa faccenda, e cioè che contrariamente a ciò che aveva detto Gendo, Rei morendo ha dimostrato di provare amore per Shinji.

C'era bisogno di un nuovo pilota e per aiutare Shinji questo nuovo pilota viene trovato in Germania, si trattava di una ragazza particolarmente dotata di nome Asuka, che pilotava una nuova unità Eva molto potente, la 02. Questa unità era stata progettata dalla madre della ragazza, scienziata tedesca, la quale morì in seguito a circostanze misteriose, mentre era malata in manicomio. Questo aveva provocato traumi nella ragazza simili a quelli di Shinji, ma essendo molto orgogliosa, Asuka, si mostrava a tutti forte e senza problemi.
Assieme a lei dalla Germania arrivò anche Kaji, che cominciò a rifrequentare Misato e Ritsouko, accompagnandole a incontri di lavoro, o uscendo semplicmente con loro per divertirsi e farsi qualche bevuta ricordando i bei tempi passati quando erano ragazzi.
Dopo alcuni giorni, una sera, Kagi e Misato si baciarono e passano la notte insieme, ma entrambi non si illudevano di poter ripetere la ripetere la storia d'amore che c'era stata tra di loro in passato

Intanto la coppia d'attacco Asuka-Shinji si rivelò formidabile. Sopratutto perchè con l'arrivo di Asuka Shinji si dimenticò di Rei e iniziò ad avere un debole per Asuka; e questo lo spingeva a voler farsi vedere forte e sicuro in combattimento. Alla coppia di attacco, si aggiunse a sopresa anche Toji, che pilotò l'Eva03. Inoltre anche Kensuke, venne assunto dalla Nerv per lavorare sul ponte di comando, dimostrando grandi competenze.
Il trio sconfigge praticamente senza problemi tutti gli altri angeli che arrivano.
Un giorno arrivòin città un nuovo ragazzo, di nome Kaworu, che era stato trovato dalla Seele per le sue grosse capacità intellettive, e venne assunto per questo dalla Nerv . Questo ragazzo, Kaworu, sembrava avere strani problemi, sembrava avesse trascorso una strana vita e ricevuto una altrettanto strana educazione. Sembrava come dire, di un altro mondo. Il ragazzo non aveva fatto amicizia con nessuno, salvo che con Shinji, il quale, avendo anch'egli dei problemi, riusciva parzialmente a capirlo.
Kaworu era davanti alla spiaggia che parlava apparentemente da solo, mentre in realtà era in collegamento mentale con Keel, il capo della Seele. Il quale gli disse di recarsi in America e di rubare l'unità Eva che aveva appena messo a punto la N.A.S.A.
Kaworu grazie ai suoi poteri psichici si infiltrò facilmente nella base americana e rubò l'unità Eva04, per tornare a Neo Tokyo e dirigersi verso Adam.
Era notte e in quel momento tutti dormivano, tutti a parte Toji che si stava allenando vicino alla sede della Nerv, e che seguì l'unità 04 nella base.
Gli si parò davanti e inizò un combattimento. Kaworu ebbe la meglio senza nemmeno impegnarsi troppo e distrusse totalmente l'unità 03 distruggendo anche la capsula di contenimento dove si trovava Toji. Intanto l'allame era partito e Shinji a bordo dell'Eva01 era già arrivato da Kaworu, ormai sempre più vicino ad Adam.
Nel frattempo l'ambulanza aveva recuperato Toji, ancora vivo, ma in coma irreversibile fu portato in ospedale ricoverato d'urgenza senza troppe speranze.
Combattendo con Shinji, Kaworu si rese conto che tutta la rabbia di Shinji non era malvagità, ma era solo vendetta, per il suo amico. Quindi capì che il suo scopo(risvegliare Adam e distruggere la terra) non aveva senso, in quanto era pura malvagità fine a se stessa, e si sacrifica capendo il suo errore e facendo tornare Toji dal coma, il quale era nel frattempo assistito dalla sua capoclasse, innamorata di lui.
Gli angeli erano tutti stati sconfitti, ma Keel e la Seele avevano ancora in mente di attuare il processo di perfezionamento dell'uomo.

Kagi una notte si intrufolò di nascosto nella base della Nerv raggiungiendone il cuore, Kaji era infatti una spia della Seele, ed era stato mandato alla Nerv, per scoprire cosa stava facendo quest'ultima senza avvisare la Seele. Kaji notò un certo numero di scienziati che entravano e uscivano dalla stanza dove era tenuto Adam, e senza farsi vedere diede una botta in testa a uno di questi, prendendogli il camice bianco e il distintivo di riconoscimento. Una volta entrato vide gli altri scienziati, assieme a Gendo e Ritsouko che stavano facendo esperimenti su un enorme corpo di aspetto demoniaco, attaccato a una croce, appoggiata orizzontalmente sul terreno e con una enorme lancia conficcata. Kagi voleva vederci più chiaro, non gli impotava più di lavorare per la Seele o per la Nerv, e prese il primo volo per la Germania per andare nella sede della Seele, dove intrufolandosi anche qui di nascosto riuscì a sentire del progetto del perfezionamento dell'uomo. Kagi aveva all'incirca capito quello che stava succedendo, ma qualcosa gli passò per la mente, non gliene importava niente, a lui tornò in mente Misato, aveva capito di amarla, e ciò che voleva fare era tornare subito a Neo Tokyo per salvarla da tutto questo casino.
Ma proprio mentre stava uscendo dalla base della Seele, un soldato lo trovò e gli sparò colpendolo a una spalla.
Kagi mezzo moribondo venne portato al cospetto di Keel, il quale gli chiese che cosa avesse capito lui di quello che sta succedendo, Kagi risponde:<< La Seele vuole avere il potere di Dio... Questo ho capito... >>. Keel decise di non uccidere Kagi, e lo fece rinchiudere in una cella nei sotterranei della Seele:<< Quel Kagi non è uno stupido, potrebbe sempre tornarci utile, e poi c'è sempre tempo di ucciderlo... >>

La Seele decise di inviare una squadra per prendere Gendo e prendere possesso della Nerv.
La squadra della Seele, composta da circa cinquanta uomini preparati fece intrusione nella Nerv con lo scopo primario di uccidere Gendo, o altri che si fossero intromessi. La squadra della Seele catturò la maggiorparte dei membri della Nerv e uccise tutti quelli che si erano opposti alla cattura, rinchiudendo i prigionieri in una delle stanze.
Tra questi c'era anche Ritsouko, la quale fu portata via dagli uomini della Seele.Gli altri prigionieri sarebbero stati uccisi quando non sarebbero più serviti.

Keel convocò Ritsouko nel suo ufficio. La quale confusa chiese:<< Perchè tutto questo? Perchè avete attaccato la Nerv?! >> Le rispose Keel:<< Sono discorsi troppo grandi per una misera mortale come te, ma essendo tu una persona molto intelligente, ho deciso che ti spiegherò in breve: tutti gli "angeli" sono "ex-angeli", ovvero angeli rinnegati da Dio. Quando erano ancora angeli di luce, hanno aiutato Lucifero a diventare come Dio, ma non ci sono riusciti. Inizialmente erano splendidi, ma dopo questo tentativo, come punizione divina, furono ridotti in mostri decadenti e deformi. Questi esseri se fossero venuti in contatto con il primo di loro che tentò di imitare Dio, ovvero Lucifero, avrebbero causato un esplosione che avrebbe distrutto la terra, creando così l'inferno sulla terra. >> Ritsouku quindi chiese:<< E Lucifero dove sarebbe ora? >> Le rispose deluso Keel:<< Ti facevo più intelligente, non hai capito che Lucifero altri non è che Adam?! >> Ritsouko era molto sopresa e quasi stava per svenire, ma si controllò e chiese a Keel:<< Quindi lei cosa c'entra in tutto ciò? Cos'è questo progetto di perfezionamento dell'uomo? Ormai gli angeli sono stati sconfitti e lei non può fare nulla, come crede di riuscire a raggiungiere Dio se nemmeno gli angeli ci sono riusciti?! >> Keel, dopo aver sogghignato, disse:<< Forse tu non sai che io non sono un umano qualsiasi... Io sono l'anticristo in persona! Sono un umano con un DNA unico nel suo genere, io sono il figlio di Lucifero,
Il mio scopo è quello di diventare come Dio! >>
Ritsouko guardò terrificata Keel, che alzandosi gli occhiali, mostrò i suoi orribili occhi luccicanti. Gli chiese con la voce tremolante:<< Ma come può pensare di raggiungiere Dio? >> rispose Keel:<< Perchè io rappresento la perfezione, io sono l'incrocio tra l'uomo e l'angelo, tra mortale e immortale, e ciò mi permetterà di raggiungiere Dio semplicemente toccando il mio padre spirituale, Lucifero. E tu mi aiuterai in questo, dato che sei l'unica altra persona oltre a Gendo che poteva aprire la porta per entrare nel luogo dove è custodito Adam. >>
Ritsouko in preda al panico rispose:<< Io non la aiuterò mai in questo folle piano, preferirei morire! >> E corse a prendere una pistola che si trovava nella sala, per poi puntarsi la pistola alla testa e dire:<< Se mi uccidessi, per te sarebbe un grosso problema... >> Le rispose Keel:<< Sciocca! Faresti la fine di tua madre, si sparò quando le feci lo stesso discorso, quella debole e insignificante persona... >> A questo punto Ritsouko presa dall'ira e dal dolore si girò verso Keel e gli sparò. Il colpo arrivò a pochi millimetri dalla fronte dell'anticristo per poi fermarsi e iniziare a trasformarsi in un piccolo seme di colore rosso, che tornò indietro con la stessa velocità verso Ritsouko penetrandole nel cervello. Gli occhi di Ritsouko diventarono rossi e Keel disse:<< Ora tu sei posseduta! E mi condurrai da Gendo a prendere Adam! >>

Intanto nel luogo dove erano tenuti prigionieri i vari membri della Nerv, si sentivano le voci dei soldati della Seele che parlavano nel corridodio via radio:<< Ah non ci servono più? Bene appena possibile li eliminiamo... >>. Sentite queste parola, Misato decise di tentare di fuggire, e riuscì ad aprire una delle prese d'aria della stanza, per poi correre a chiamare Asuka, e portandola da un'entrata sotterranea all'Eva02. Da qui l'Eva02 con a bordo Asuka sfondò la base della Nerv, uccidendo tutti i soldati della Seele e liberando tutti i prigionieri.
Nel frattempo dal cielo fu calato un nuovo eva, marchiato Eva05 che si precipitò verso l'Eva02 ingaggiando un duello.
Misato intanto vide Keel fluttante con Ritsouko che andava verso il cuore della base della Seele.
Si precipitò anche lei verso il cuore della base, dove si trovavano Gendo e Adam, ma trovò la porta chiusa con Ritsouko davanti. << Ritsouko!? Che ti prende!? >> Urlò Misato confusa. Ritsouko le rispose:<< Avvicinati e sarai uccisa >> Misato quasi non voleva credere a ciò che sentiva:<< Ma Ritsouko sono io... >>
Ritsouko per un attimo rinvenì:<< Scappa Misato!!! Sono posseduta dal male! >> Quindi gli occhi le tornarono rossi:<< No! Kagi ha sempre amato te e non me, tu sei sempre stata più fortunata di me in tutto! Devi morire! >> E sparò a Misato, ferendola sopra il petto. Misato cadde a terra quasi immobile. Ritsouko si riprese nuovamente e guardò Misato:<< Cos'ho fatto?! NO!!!!!!!!!!! Misato, Kagi, tutti, perdonatemi! >> E si sparò .

Nel frattempo Keel, che era nella stanza di Adam, ancora non l'aveva trovato, e si rivolse a Gendo, il quale non gli voleva dire dove era stato nascosto Adam:<< Tu mi metti in una situazione difficile, se ti uccidessi non saprei dove hai messo Adam, ma se non ti uccidessi avresti vinto tu. >> Gendo rispose:<< Uccidimi pure, la mia vita è stata rovinata, ho mille ripensamenti e merito questa fine... >> Gli rispose Keel con un ghigno dal quale emergeva un'estrema malvagità:<< Forse non ti interessa della tua vita, ma a quella del tuo caro figliolo Shinji ci tieni o preferiresti che lo uccidessi lentamente? >> Gendo si mise a piangere, e tirò fuori da una valigetta una piccola scatola contenente una specie di mostriciattolo grande poco più di una mano. << E questo cosa sarebbe!? Adam è grande più di un'unità Eva, e tu credi di prendermi in giro!? >> Gendo rispose:<< Fidati, non metto in gioco la vita di mio figlio, è l'ultima cosa che ho a questo mondo. Per poterlo nascondere meglio, e potergli estrarre la lancia di Longino, avevamo studiato questo sistema. >> Keel gli credette:<< Perfetto! Ora mi basterà toccarlo, e mi potrò sostituire a Dio e continuare il progetto in cui Adam fallì! >>
Gendo tentò comunque di convincerlo a non farlo: << Tutti gli angeli che finora abbiamo sconfitto, sono diventati orribili e malvagi solo perchè hanno tentato di essere come Dio, nessuno può paragonarsi a Dio ricordalo! >> Ma Keel non lo stette a sentire, gli disse:<< Proprio tu me lo vieni a dire!? Sei proprio cambiato Gendo, e pensare che eravamo partiti con gli stessi ideali... >> e toccò il corpo di Adam(Lucifero) che gli avrebbe conferito il potere di Satana. E così Keel convinto di diventare Dio diventò invece un orribile e enorme essere dalle sembianze demoniache. Quindi si piegò verso Gendo e gli disse:<< Questa è una sensazione fantastica, dovresti provarla, anzi presto tutta l'umanità la proverà! >> Quindi stritolò Gendo e lo inglobò nel suo corpo.
Keel iniziò a volare verso il cielo, per poter osservare la terra dall'alto, e il rumore che provocò alzandosi in volo svegliò Misato, che seppur moribonda, aprì gli occhi e vide Ritsouko morta non lontano da lei:<< Oh no... >> disse sottovoce Misato per poi mettersi a piangere.

Nello stesso momento Asuka aveva sconfitto, seppur a fatica, l'Eva05. Quand'ecco dal cielo arrivare vari aeroplani di trasporto della Seele, che aprirono gli enormi portelloni scaricando altri nove Eva verso Asuka:<< Oddio.... >> si rese conto che non avrebbe mai potuto farcela. Shinji era in camera sua, e non sapeva niente di ciò che stava succedendo, e pensava a quanto fosse inutile la sua vita ora che gli angeli erano stati sconfitti e che il suo Eva era danneggiato. Ma all'improvviso sentì sua madre che gli disse qualcosa:<< Shinji la ragazza che ami è in pericolo! Corri ad aiutarla, vai a prendere l'Eva01! >> Shinji disse:<< Mamma......! >> Ma non perse tempo e prese le chiavi della moto di Misato improvvisandosi pilota. Guidava in maniera molto imbranata, dopotutto non aveva mai usato una moto, e arrivò per fortuna alla base, vedendo in lontananza che gli altri nove eva stavano volteggiando in aria come avvoltoi e stavano per distruggere l'Eva02. Corse verso il centro della base, ormai quasi del tutto distrutta, e trovò Misato, che non volle far notare a Shinji la propria condizione e lo accompagnò verso l'hangar dello 01. Shinji però non era convinto di pilotare l'Eva01:<< Io... Io non posso farlo. Non posso e basta...Non posso pilotare l'Eva se questo significa che ferirò o addrirttura ucciderò altre persone. Non ho il diritto di farlo. Pensavo che pilotare l'Eva fosse la mia unica possibilità. Ma mi stavo solo illudendo. Io non capisco niente - Non sono all'altezza di pilotare gli Eva. Non c'è niente che io possa fare per gli altri! Asuka è la fuori che sta morendo e io ho paura di andare là solo col mio Eva01, la verità è che sono un codardo! Misato lo rimproverò, dicendogli che solo sbagliando s'impara. E che solo pilotando l'Eva potrà cercare le risposte alle sue domande e salvare la vita alle persona a cui vuole bene. Quindi donò a Shinji la croce che portava al collo, e gli diede un bacio sulla bocca, dicendo che continueranno il discorso quando tornerà, per poi chiudere l'ascensore. Ma Misato, a causa della ferita che gli aveva causato Ritsouko sparandogli, cadde a terra, ripensando al suo amore: << Sono stata brava, Kaji?... >> Shinji intanto, nell'ascensore, sentendo in bocca in sapore del sangue di Misato, capì che la sua adorata amica era spacciata, e si mise a piangere.

L'unità, seppur parzialmente distrutta cominciò a funzionare. E Shinji uscì dalla basa fronteggiando gli altri Eva. Questi però non ebbero problemi con l'Eva01 facendolo finire al suolo e iniziandolo a distruggere. Ma improvvisamente l'Eva01 si alzò in volo sopra gli altri Eva che lo seguirono, e fece saltare in aria tutta la sua armatura, tutte la parti sia metalliche che organiche. Rimase solo la parte spirituale dell'Eva, la parte di luce, e assunse delle sembianze. Shinji sentì ancora la voce di sua madre:<< Ora sei tutt'uno con l'Eva, ora non ci sono più Shinji e l'Eva, ora c'è l'arcangelo Shinji! >> In un attimo distrusse gli altri Eva, e tirò fuori Asuka dall'unità 02, la quale rimase colpita dal coraggio iniziale di Shinji, il quale si era buttato contro nove Eva, sapendo che sarebbe sicuramente morto, pur di salvarla.
Quindi la madre parlò ancora:<< Presto prendi la lancia di Longino ora! >> Shinji chiese:<< Dov'è!? >> La madre rispose:<< Dopo averla estratta da Adam gli scienziati l'hanno riportata in Antartide, presto. Shinji volò verso il polosud a velocità impressionante e si immerse in acqua, dove recuperò la lanica per poi alzarsi in volo e andare verso Keel ora diventato il nuovo Adam. La situazione era critica, molte anime degli uomini stavano già andando verso Keel, e Shinji iniziò a duellare con quest'ultimo. Improvvisamente la lancia gli scivolò e iniziò a precipitare verso la terra, e Shinji stava per avere la peggio contro Keel:<< Cosa credevi ragazzo!? Io sono un'essere perfetto, nessuno mi può sconfiggere, nessuno! >>
Quando ecco arrivare dalla terra con la lancia in mano Toji a bordo dell'Eva03, << Yeahhhhh! Ti eri forse scordato di me amico!? Guarda che mi riprendo in fretta io! Ora uccidi questo figlio di puttana, e facciamola finita con tutto 'sto casino! >> E passò la lancia a Shinji il quale trafisse Keel, facendolo saltare in mille pezzi assiema alla lancia. Le anime degli uomini piano piano stavano iniziando a tornare sulla terra ai legittimi propretari.
Il progetto di Keel di perfezionamento dell'uomo era fallito, l'umanità era salva.

L'arcangelo svanì nel nulla e Shinji stava per iniziare a precipitare verso la terra, ma fu prontamente fermato da Toji, che lo protesse con le mani dell'Eva03 fino alla terra.
Toji si recò quindi con Shinji alla sede della Seele, dove distrusse tutto, fino a trovare la cella di Kagi, per poi prenderlo e trasportarlo verso la sede della Nerv. Tutti erano attorno a Misato disperati, dai membri della Nerv, agli amici di Toji e Shinji.
Lo 03 arrivò e i tre scesero. Kagi vide tutti attorno a Misato e disperato scoppiò in lacrime, avvicinandosi al corpo senza vita di Misato. Gli vennero in mente tutti i bei momenti che aveva passato con Misato, di quando l'aveva rivista e di quanto avrebbe voluto dirle che la amava ancora...
Proprio in quel momento, apparve uno spirito, quello della madre di Shinji, e si avvicinò al disperato Kaji, che in lacrime teneva e stringeva il corpo esamine di Misato fra le braccia. << Il mio compito qui è finito, ma io prima di andare in Paradiso, ho ancora il potere di fare qualcosa... >> disse a Kaji, e avvicinò una mano al volto di Misato. Come per magia gli occhi della ragazza si aprirono lentamente. Kagi alzò le medicazioni sulla ferita di Misato e notò che la ferita era sparita. Kagi era in lacrime, questa volta di gioia, e guardò lo spirito della madre di Shinji sorridendo e sussurrandole:<< Grazie... >>. Quindi guardò Shinji che stava piangendo di Gioia e gli disse svanendo piano piano:<< Io sarò sempre vicino a te... >>
Maya, anche lei con le lacrime agli occhi, si rivolse a Shigeru e Makoto e agli altri presenti:<< Lasciamoli soli! >> Per poi abbracciarli:<< Tutto e bene quel che finisce bene!La vita è bella! >>
Kagi guardò negli occhi Misato e le disse:<< Non ti lascierò mai amore mio... >> Misato appena ripresa, quasi non si rendeva conto di ciò che era successo e guardò Kagi:<< Me lo prometti questa volta? >> e Kagi più convinto che mai le risponse:<< Te lo giuro, mai più, ti lascierò! Mai più! >> I due si guardarono si sorrisero dolcemente e si baciarono, guardano la luna.
A una decina di metri, Asuka spinse via Shinji e i suoi amici che stavano guardando da non troppo lontano la scena:"Andate via sscuriosoni!!!!" E quindi si avvicinò a Shinji e lo guardò negli occhi dicendogli:<< E tu te ne stai lì con le mani in mano imbranato!? >> Shinji mosso da questa frase, a sopresa prese Asuka, la quale da quando l'aveva salvata aveva iniziato ad apprezzarlo, e la baciò. << Wow Shinji non me lo sarei mai aspettata da te! >> Le risponde Shinji:<< ...E riservo ancora un mucchio di sorprese!"
E così, questa incredibile vicenda si concluse nel migliore dei modi per tutte queste persone che non smisero mai di sperare e ebbero la volontà di andare avanti, sempre.