Sephiroth viene riportato in vita da Hojo e tramite un chip che lo costringe all'obbedienza ne diviene lo schiavo. Lo scienziato lo manda spesso in missione in giro per il mondo, ma i suoi scopi sono al Soldier sconosciuti. Vorrebbe ucciderlo, ma con il chip si ritrova metaforicamente con le mani legate.
Poi, un giorno, scopre che non solo lui è stato riportato in vita, ma anche una certa Cetra che anni prima aveva ostacolato i suoi piani.