A 50 anni dalle vicende dei precedenti Kingdom Hearts, la storia parla di Shihi, un ragazzo che vive a Crepuscopoli, con lo zio Hayner, pluricampione del torneo Struggle. Un giorno, però, Crepuscopoli viene distrutta dopo l'ennesima apparizione degli Heartless e quella di un strano uomo incappucciato. Il ragazzo, ritrovandosi tra capo e collo la leggendaria Keyblade, viaggerà attraverso i mondi, facendo esperienze fuori dal comune, battendosi contro l'oscurità dentro di sé...
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"-Posso rispondere a tutte le tue domande, ragazzo-
-Chi sei?-
-Diciamo che puoi considerarmi come un abitante del Crepuscolo-
-Che ci fai qui?-
-Sono alla ricerca di qualcuno. E credo anche di averlo trovato- e alzò il braccio, indicando Shihi –Sei tu quello che cerco. L’eroe del Keyblade-" [Tratto dal capitolo 2]