Ratchet si trova in un periodo buio della sua esistenza,la morte del generale Azimuth e la continua ricerca dei lombax,lo stanno distruggendo;neppure clank riesce a risolverarlo.Ma tutto cambierà.I due amici si troveranno di fronte a una nuova minaccia.Qualcosa di oscuro sta accadendo all'intero universo,molti pianeti stanno morendo sotto la morsa di inquetanti ombre.I due compagni dovranno nuovamente collaborare con l'eccentrico Quark,il nefasto dottor. Nefarius e due nuove alleate:la robottina Unis e la lombax Yuna.Se non riusciranno a fermare questa catastrofe e ad comprendere il loro destino;il mondo che conoscono sparirà......