Gli alieni si preparano a tornare sulla Terra per riprendersi ciò che dichiarano essere loro per diritto di nascita. Sulla terra le Mew Mew non hanno mai abbassato la guardia e nonostante siano ora diventate adulte sono pronte a difendere nuovamente il pianeta dalla minaccia.
Ma non c'è solo Tokyo da proteggere, ora Ichigo ha qualcosa di molto più importate da mettere in salvo. Sua figlia Miki è ignara del passato della madre e verrà trascinata suo malgrado in una guerra senza quartiere dove capirà ben presto che non si combatte solo con le armi, sarà una guerra che la porterà alla scoperta di se stessa, del proprio corpo e dei suoi poteri nascosti, poteri che potrebbero riportare la pace o accelerare la distruzione del pianeta se usati dai nuovi nemici, o dai vecchi.