Di ritorno a Midgar dopo uno dei suoi numerosi incarichi, Cloud ritrova quasi casualmente un diario dall'aria stranamente familiare sulla cui copertina è ricamato il nome della sua proprietaria: Aerith.
Spinto da un istinto incontrollabile decide di leggerlo, scelta che lo porterà a scoprire aspetti segreti della speciale fanciulla che l'aveva stregato fino dal loro primo incontro.

Il grande Eroe Sephiroth, celebrato ed acclamato per essere riuscito a far crollare la tirannia della Shinra, si ritroverà invischiato in una faccenda che metterà in luce la sua vera natura e quella di coloro che hanno nelle mani la sorte del Mondo.

Grazie agli sforzi dei protettori del Pianeta la popolazione mondiale ha potuto vivere un periodo di pace e prosperità. Purtroppo però l'avidità della razza umana rischierà ancora una volta di rompere l'equilibro creato con incredibile fatica e di risvegliare un male tanto antico quanto terrificante.

Sephiroth viene riportato in vita da Hojo e tramite un chip che lo costringe all'obbedienza ne diviene lo schiavo. Lo scienziato lo manda spesso in missione in giro per il mondo, ma i suoi scopi sono al Soldier sconosciuti. Vorrebbe ucciderlo, ma con il chip si ritrova metaforicamente con le mani legate.
Poi, un giorno, scopre che non solo lui è stato riportato in vita, ma anche una certa Cetra che anni prima aveva ostacolato i suoi piani.