Circa un anno e mezzo dopo gli eventi della saga videoludica, il dr. Eggman riesce a creare l'arma perfetta che potrebbe permettergli di conquistare il mondo. Durante la ricerca dei Chaos Emerald che gli servono per attivarne tutte le funzioni s'imbatte casualmente in una ragazza misteriosa dotata di incredibili poteri, che si allea con lui per permettegli di portare al termine il suo piano. Cosė Sonic si ritrova a dover radunare tutti i suoi migliori alleati per combattere contro un'avversaria imprevedibile e virtualmente capace di tutto, a risolvere il mistero legato alle leggendarie figure dei mobiani mutanti e affrontare una perdita inaspettata che potrebbe non essere l'unica...