All'avverarsi del desiderio di Madoka, le leggi dell'universo vengono riscritte, e nel mondo nessuno conserva memoria dell'esistenza della ragazza.
Nessuno eccetto Homura.
Quest'ultima, insieme a Mami e Kyoko, combatte le bestie magiche, ma lo scorrere impetuoso del tempo non risparmia nessuno, nemmeno le Maghe.
Solo Homura, grazie al suo smisurato potere, continua a vagare per il mondo, al di fuori del tempo.