In un remoto futuro, l'umanitą deve difendersi da homunculus fatti di carne e circuiti, marionette nelle mani del Burattinaio, che animandoli li rende capaci di provare solo sentimenti negativi, promettendogli di vivere di nuovo.
A capo della resistenza troviamo Octavya, una giovane ragazza armata di una flautospada, che vuole vendicare la sua innocente sorellina Disarmonia, scoprire quali sono i veri progetti del Direttore, colui che promette di vincere la battaglia contro gli Homunculus, e mettere fine a questa guerra insensata che ha fatto gią troppe vittime.