Il duello finale tra Atem e Yugi Muto ha aperto le porte del regno delle ombre. L'ultimo rimasto in vita, Seto Kaiba, cerca di reclutare i migliori duellanti del mondo per fermare la loro avanzata. Ventun'anni dopo quell'evento, un misterioso duellante richiede di entrare nelle forze speciali di Kaiba, dando così un'ultima speranza all'umanità.

Un giovane ragazzo si ritrova in un luogo situato tra la vita e la morte in cui incontra la sua lei, ormai persa da tempo.