La storia racconta di due persone, custodi del keyblade e rivali nel mondo dell'oscurità, il cui scopo del primo è quello di cercare un particolare cuore mentre segue gli ordini della Madre. Mentre lo scopo del secondo è quello di vendicarsi del primo, pronto a tutto pur di trovare il modo per ucciderlo.
Le loro storie finiranno per intrecciarsi con quelle dei protagonisti dell'originale KingdomHearts e spin-off.
Personaggi: Aqua, Heartless, Nuovo personaggio, Riku, Vivi