Siamo nella Tokyo del futuro, Crystal Tokyo, governata dalla Neo-Queen Serenity e da King Endymion.
Dall'ultima battaglia contro Galaxia e l'entità Kaos, la Terra ha conosciuto un periodo di pace e prosperità, che ha portato alla fondazione di Crystal Tokyo e alla sua conseguente ascesa al potere come capitale del mondo. Dopo anni di serenità però, si iniziano a sentire i primi segni di una decadenza ormai avviata, e nuove ombre si aggirano nei corridoi di Crystal Palace. Presenze indistinte si affacciano nei sogni della regina che, spinta dai cambiamenti imminenti, ritornerà indietro non solo nel suo passato, ma nel passato dell'intero universo.