Sono passati alcuni anni dalla sconfitta di Andross da parte dello squadrone Star Fox e la pace ha regnato fino ad ora. I protagonisti e guerrieri intergalattici che hanno salvato il Sistema Lylat hanno iniziato a vivere vite ben diverse ma una nuova minaccia incombe sull'universo e i nostri eroi sono chiamati ancora una volta a tornare in azione per salvare la galassia dalle forze oscure in quella che potrebbe essere la loro ultima, e più pericolosa avventura.