Borgo Silvano, nella regione di Kérehon, è l'ultimo luogo dove umani e Pokémon vivono assieme in armonia.
Un uomo malvagio ha infatti preso il potere, il Tiranno, vietando il possesso dei Pokémon, rinchiusi e sottratti ai proprietari. Borgo Silvano è troppo piccolo per costituire una minaccia, finché non si scopre che vi si nasconde uno studioso di Pokémon, il professor Oshizami, che conduce ricerche su qualcosa che potrebbe rivoluzionare la concezione dei mostri tascabili: l'abilità Empatica di ognuno di loro.
Il paese verrà distrutto, il professore rapito.
Toccherà al giovane Kaede andarlo a cercare, assieme ai suoi amici e agli assistenti del professore, in un viaggio ricco di insidie, che farà scoprire verità mai svelate sui Pokémon e aiuterà i protagonisti a maturare.
Un mondo difficile e oscuro si aprirà davanti ai loro occhi e per riportare l'equilibrio dovranno affidarsi alle indicazioni di uno studioso di una regione lontana: Samuel Oak.
Tra sfide, battaglie ed incontri vecchi e nuovi affronteranno il mondo, vincendo e perdendo contro loro stessi: una volta terminato il viaggio, niente sarà più come prima.