Sherlock è ritornato dopo il finto suicidio e ha ricominciato a drogarsi a causa di un sogno ricorrente che lo tormenta. Nel sogno lui è un bambino che piange in una culla mentre i genitori litigano. Un giorno viene chiamato da Lestrade che vuole il suo aiuto per un omicidio, ma scopre che l'uomo ucciso è suo padre. La vista del padre morto gli riporta alla memoria ricordi seppelliti, di come Siger lo picchiava da bambino e di quanto abbia cercato di elemosinare il suo amore. Ripresosi (più o meno) dalla morte di Siger e dai suoi ricordi, decide di investigare sul caso. Dopo varie peripezie e conclusioni errate, scopre che l'avvocato divorzista amico di sua madre (Violet) voleva uccidere il marito di lei per potersi liberare del rivale in amore (l'avvocato amava Violet).
Chiarito questo Sherlock vuole sapere di più sul passato dei suoi genitori e scopre di essere il figlio di un amante della madre, che Siger lo sapeva e che per questo non era riuscito ad amarlo. Il padre naturale di Sherlock è … sorpresa delle sorprese, Arthur Watson, il padre di John e Harriet.
Nel frattempo Sherlock si riconcilia anche con Irene Adler, fanno l'amore e lei scompare. Ricompare invece Siger che, grazie all'aiuto della Donna, è riuscito a simulare la sua morte per scappare dal suo persecutore (l'avvocato). Sherlock e Siger si riconciliano, grazie anche a una lettera che quest'ultimo ha scritto per il figlio.
Dopo più o meno un anno (dieci mesi, per la precisione) Sherlock scopre che, durante quella notte di passione, lui e Irene hanno concepito una figlia che si trova in un orfanotrofio di Venezia e che se vuole può riconoscerla. Dopo un'incertezza iniziale lui decide di accettare le sue responsabilità di padre, per non commettere lo stesso errore di Siger e pentirsi di averla abbandonata (come invece ha fatto Irene). La va a prendere a Venezia e … ecco che comincia questa storia.