Sequel del primo "Kabuto Gaiden", è una side-story incentrata sul personaggio di Kabuto Yakushi. Attraverso la sua autobiografia si legge "l'altro lato" degli eventi narrati nel manga Naruto.
La storia comincia da dove è finita la precedente: Kabuto ha voltato definitivamente le spalle alla sua patria adottiva. E la sua "nuova vita" inizia con una visita all'esotica Sunagakure, al seguito di un Orochimaru più insidioso che mai...