Una terribile minaccia incombe sulla Terra. La consapevolezza di questo porta il professor Daiba a chiedere l'aiuto dell'amico di un tempo, Harlock, ex militare ora comandante della nave pirata Arcadia. La missione che Daiba vuole affidargli è indispensabile per scongiurare il pericolo di una potente arma biologica, che potrebbe sterminare i terrestri.
Su richiesta dell'esimio scienziato, varcano la soglia della grande astronave suo figlio Tadashi Daiba e Deyana Cooper, giovane chimica assistente del professore.
Ma Harlock e Deyana, anche se devono compiere questa missione così gravosa e importante, scoprono ben presto di essere due anime che si desiderano ardentemente, quasi dal primo istante. Un sentimento che Deyana tenta di combattere, inanellando una serie di bugie e sotterfugi…
E Harlock non sa che Deyana non è chi sostiene di essere....