Nel pieno della contestazione giovanile contro la guerra del Vietnam e contro gli aspetti ormai sorpassati della società, il professor Henry Jones, jr. - archeologo maturo, ampolloso e imborghesito, ormai dedito ad una vita tranquilla e lontana dai rischi - è uno degli uomini meno popolari del Marshall College di Bedford, nel Connecticut, del tutto inviso agli studenti, che lo considerano vecchio e sorpassato. Dal canto suo, Jones non vede di buon occhio i giovani capelloni, a suo dire rappresentanti di un totale decadimento dei costumi e della moralità.
Ma quando un oggetto legato al suo passato verrà trafugato, Indiana Jones si vedrà suo malgrado costretto a rispolverare frusta e cappello ed a collaborare con alcuni giovani hippie per risolvere un antico mistero…

Nel 1926, il giovane archeologo Indiana Jones, guarito da pochi mesi da una grave malattia, riceve dal professor Abner Ravenwood il compito di rintracciare in Egitto un’antica stele che potrebbe celare il segreto per raggiungere l’Arca dell’Alleanza; Jones, però, ha tutt’altro pensiero per la testa: Marion, la figlia di Ravenwood, di cui ha finito coll’innamorarsi durante il tempo trascorso insieme a Gerusalemme. Nel frattempo, negli Stati Uniti, René Belloq cerca vendetta nei confronti di Harold Oxley, mentre una donna di nome Stella tenta di contattare un archeologo che possa aiutarla nella ricerca di un manufatto precolombiano, il misterioso Scrigno dei Venti…

Dopo quasi quarant’anni, Indiana Jones fa ritorno sulle alture interne del Perù per raggiungere ancora una volta il tempio dei Chachapoyan dove, in gioventù, tra mille difficoltà, rinvenne l’idolo d’oro della fertilità. Ma nel tempio era celato molto più di una piccola e semplice statua d’oro, qualcosa di davvero unico e prezioso: un sorprendente segreto, rimasto custodito in quel luogo per migliaia di anni, che l’anziano archeologo intende finalmente riportare alla luce.
In questa nuova occasione, però, ad accompagnarlo ci sarà sua figlia, perché solo unendo le forze i due Jones potranno svelare quell’antico mistero, che sembra provenire da una galassia lontana lontana...

Nel 1957, in mezzo alle foreste del Brasile e sfuggiti per miracolo alla furia degli agenti sovietici ed alla distruzione di Akator - la mitica Eldorado cercata dai conquistadores - Indiana Jones e Marion Ravenwood ritrovano se stessi ed il proprio sogno di essere uniti. Ma dopo vent’anni di lontananza, stare insieme e scoprire di amarsi ancora come un tempo non sarà facile…

Di ritorno da un’avventura a Ceylon, Indiana Jones può finalmente iniziare un nuovo anno accademico. Ma, proprio quando pensa che per qualche tempo le lezioni universitarie saranno la sua quotidianità, il celebre archeologo riceve un nuovo incarico: quello di ricostruire lo Specchio dei Sogni, l’unico oggetto in grado di condurre al Cuore del Drago, un antico artefatto che non deve cadere nelle mani sbagliate. Così, affiancato dal suo vecchio amico Wu Han e da un’affascinante e misteriosa ragazza, Jones si vedrà costretto a intraprendere un nuovo e rocambolesco viaggio attorno al mondo, in una corsa a ostacoli tra mille difficoltà e nemici senza scrupoli…

Sono giorni difficili. Il mondo, tra crescenti tensioni, sembra essere giunto sul baratro di un nuovo conflitto mondiale, che appare ormai inevitabile: resta soltanto da capire quando e dove il colpo di incudine cadrà per primo, scatenando una guerra che non risparmierà nessuno.
In questo scenario, Indiana Jones prosegue normalmente con la sua attività da archeologo, come un semplice spettatore degli eventi. Tutto cambia quando Sophia Hapgood, una donna riemersa dalle nebbie del suo passato, lo coinvolge in quella che potrebbe rivelarsi la più grande ricerca della sua vita. Solo mettendo da parte i vecchi dissapori e collaborando giorno dopo giorno, i due archeologi potranno fare luce sul più grande mistero che l’umanità abbia mai conosciuto e impedire che un antico e occulto potere finisca nelle mani dei nazisti.
Indy e Sophia dovranno così affrontare un lungo e tortuoso viaggio, irto di pericoli, che li condurrà nientemeno che alle porte di Atlantide, il mitico continente perduto…

La seconda guerra mondiale è cominciata. La Francia è caduta sotto i colpi delle armate tedesche e, nei cieli di Inghilterra, si combatte una strenua battaglia, il cui esito determinerà le sorti dell’ultimo baluardo democratico in Europa.
Indiana Jones, intanto, prosegue con la sua attività di archeologo, che lo porta come sempre a esplorare i luoghi più lontani e selvaggi. Tutto cambia quando alcuni ufficiali dell’esercito britannico chiedono il suo aiuto per compiere una ricerca, la cui conclusione potrebbe avvantaggiare la Gran Bretagna nella vittoria contro le truppe del Reich.
Ma, questa volta, Junior non potrà farcela da solo, perché soltanto con l’aiuto di suo padre, grande esperto di letteratura medievale, potrà intraprendere questo nuovo viaggio, che lo condurrà sulle tracce di Re Artù e dei Cavalieri della Tavola Rotonda, dalle rovine di Camelot fino alle nebbie di Avalon…

È una luminosa e calda giornata estiva di fine Ottocento quando, in una casa di Princeton, nel New Jersey, nasce l’unico figlio del professor Henry Jones Sr. e di sua moglie Anna.
Nel corso dei venticinque anni successivi, il giovane Junior vivrà esperienze indimenticabili e incontrerà persone straordinarie, in un viaggio di formazione che, tappa dopo tappa, lo porterà a diventare Indiana Jones, l’uomo con frusta e cappello, il più celebre archeologo del mondo…