Protagoniste di questa storia saranno Nagisa e Honoka, una buona parte sarà assegnata a Shogo Fujimura e farà la sua apparizione anche Hikari.
Dopo un lungo tempo di pace, le amiche sono ormai convinte di aver chiuso con l'esercito del male. Ma un avvenimento inaspettato le costringerà a sfoderare le loro armi migliori per contrastare l'ormai imminente ritorno del male. Per una sfortunata coincidenza Shogo verrà coinvolto e spetterà alle Pretty Cure trarlo in salvo senza farsi smascherare.